Sedimentos provenientes de la Laguna Cuzcachapa, muestran que para alrededor del 2000 a. C. por primera vez ocurre una disminución de árboles y un aumento en la aparición de polen de maíz debido al comienzo de la agricultura.4​ Posteriormente, alrededor del 1,500 a. C., se evidencia que además de la siembra de maíz, hay una tala de bosques, quema de material orgánico y una erosión incrementada, lo que evidencia el comienzo de la sedentarización de las poblaciones.4

Para alrededor del 1,200 a. C. hay evidencia de cerámica en la ribera norte de la laguna Cuzcachapa y en el sitio arqueológico El Trapiche; lo que se conoce arqueologicamente como fase Tok, y con lo que da inicio el período preclásico temprano (1200 a. C. a 900 a. C.). Esta cerámica, es muy parecida a la de Chiapas y la costa pacífica de Guatemala, lo que apoya la interpretación de que estos primeros habitantes procedían de la región del litoral pacífico (entre Chiapas y Guatemala), y que probablemente eran hablantes de alguna lengua Zoque y practicantes de la cultura Mokaya. Estos primeros habitantes se verían influenciados por la cultura olmeca, sobre todo en el preclásico medio (900 a. C. - 650 a .C.) que es cuando comienza a edificarse el centro ceremonial de El Trapiche con la construcción de la pirámide principal.