Es uno de los pueblos lencas salvadoreños, cuyo origen se remonta a la época precolombina; cuando los españoles llegaron, estaba ubicado en un valle llamado Llano Grande. El área estaba poblada por los lencas, prueba de ello es el sitio arqueológico El Chagüite, ubicado en el cantón Las Cruces, caserío El Chagüite, en el cual se pueden apreciar petrograbados o petroglifos lencas.2​
A mediados del siglo XVI, tenía una población que oscilaba alrededor de los 300 habitantes, como pueblo anexo del Curato o Parroquia de Ereguayquín.
En el año de 1786, ingresó en el Partido de San Alejo y el 12 de junio de 1824 se fundó el municipio como parte del Departamento de San Miguel, perteneciendo hasta el 22 de junio de 1865, fecha en que pasó a formar parte del Distrito de La Unión, en el departamento homónimo.
Por solicitud de la Municipalidad, se fundó una escuela de niñas con la dotación de quince pesos en el 17 de enero de 1885.3​
Durante la presidencia del Dr. Alfonso Quiñónez Molina, la legislatura salvadoreña, con fecha 28 de abril de 1926, emitió el decreto por el cual otorgó al Pueblo de Yucuaiquín el Título de Villa, distinción que se le confirió por el desarrollo de su agricultura, comercio y ornato.4​
El 15 de febrero de 2002 por Decreto Legislativo obtuvo el Título de Ciudad, por su notable progreso y por contar con todos los servicios públicos necesarios para el bienestar y el desarrollo de sus habitantes.5​