Los orígenes de Chirilagua se remontan a la época precolombina, cuando esta tierra estaba habitada por comunidades indígenas que dejaron su huella en la región. Sin embargo, la fundación oficial de Chirilagua como municipio se produjo el 26 de abril de 1824, durante el período de independencia de El Salvador.

El legado indígena en Chirilagua se refleja en su cultura, gastronomía y tradiciones. Muchos de los nombres de lugares y platos típicos tienen raíces indígenas, y la comunidad sigue celebrando festividades que honran a sus antepasados indígenas.