En 1769, durante la colonia, se sabe que existían tres haciendas: Tepeagua, San Diego y San Juan. De allí parte la historia de este municipio.
En 1824, se habilitó El Puerto de La Libertad y en 1831 se autorizó el comercio exterior.
En 1848 se propone la realización de la carretera hacia el puerto. En 1853 se inicia el desarrollo de los servicios portuarios de la ensenada de La Libertad la cual era solo una playa solitaria con una decena de chozas.
En 1858 se decreta la creación de media municipalidad en el Puerto de La Libertad, con un alcalde, dos regidores y un síndico; y, el 19 de junio de ese año se erigió como Pueblo.
En 1865 pasó a ser parte del Departamento La Libertad. Cuatro años más tarde, el 7 de octubre,  se inaugura el  muelle. El 10 de marzo de 1874 se le dio el título de Villa y el 23 de agosto de 1957 adquirió el de Ciudad.