En 1550 tenía unos 150 habitantes. En 1698 pasó por el pueblo de Zapotán fray Mateo de San Esteban, guardián y visitador general de la Orden de San Francisco, quien inauguró y bendijo la iglesia de esta población. En 1740, según el alcalde mayor de San Salvador don Manuel de Gálvez Corral, Santa Isabel Zapotán, que con tal denominación era conocida esta población, tenía 25 indios tributarios o jefes de familia, o sea alrededor de 125 almas, sus actividades económicas eran el cultivo de maíz, algodón, bálsamo y cacao y la crianza de gallinas.1 Conforme los autos de visita de monseñor Pedro Cortés y Larraz, en 1770 era Zapotán pueblo anejo del curato de Guaymoco (hoy Armenia) y su población estaba representada por 167 personas distribuidas en 26 familias. En 1786 ingresó en el partido de Opico. "Pueblo de indios" lo llamaba en 1807 el corregidor intendente don Antonio Gutiérrez y Ulloa.