El Jardín Botánico, se encuentra ubicado justo en lo que fue un cráter volcánico que hizo erupción hace más de 2200 años. Con el paso del tiempo se formó en el fondo una laguna que, tras el terremoto de San José, el 19 de marzo de 1873, su nivel bajo considerablemente; por lo que se tuvieron que drenar los pequeños espejos de agua para aprovechar el suelo y sembrar caña de azúcar, seguido del desarrollo de una industria lechera.

Para 1912, el proceso de secado de la laguna había finalizado y dio paso a un intenso proceso de industrialización. Dentro de esta área, se encontraba la casa de la Familia Deininger quienes eran amantes de la naturaleza y tenían la afición de coleccionar plantas de todas partes del mundo para ambientar el jardín de su residencia. Años más tarde, decidieron donarla y convertirla en un jardín botánico. Fue así, que el 13 de julio de 1976 se constituyó legalmente la Asociación Jardín Botánico La Laguna como una entidad privada, apolítica, no lucrativa, ni religiosa; quienes, a la fecha, se encargan de conservarlo y administrarlo. Sus nuevos estatutos y acuerdo ejecutivo N°111, fueron aprobados y publicados en el Diario Oficial N°122, tomo 360, el 3 de julio de 2003 y fue abierto al público el 22 de diciembre de 1978.